DAPI荧光染料，可穿透细胞膜与细胞核双链DNA结合发挥标记作用，产生比自身强20多倍荧光，对双链DNA染色灵敏度高EB很多倍。显微镜下看显蓝色荧光细胞，荧光效率几乎为100%，且对活细胞无毒副作用.常用于细胞凋亡检测，染色后用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测。也用于普通细胞核染色及某些特定情况下的双链DNA染色。
DAPI，也称DAPI dihydrochloride，是一种常用的核酸染料，可以和双链DNA富含AT序列的小沟结合，产生比自身强20多倍的蓝色荧光。和EB(ethidium bromide)相比，DAPI对双链DNA的染色灵敏度要高很多倍。DAPI也可对RNA进行染色，染色机理是其可以选择性嵌入“AU序列”并发出荧光。相比DAPI-dsDNA(Ex/Em=358 nm/461 nm)，DAPI-RNA具有较长的最大发射波长(500 nm)，其荧光亮度仅有DAPI-dsDNA的20%。
尽管DAPI不能通过活细胞膜，但可以通过提高浓度使之进入活细胞。DAPI具有很高的光漂白承受水平，能用来检测酵母线粒体DNA，叶绿体DNA，病毒DNA，Microplasm DNA以及染色体DNA。
DAPI典型的蓝色荧光特性使其非常普遍的搭配其他绿色、黄色或红色荧光染料用于细胞生物学多色荧光标记技术，因此也常作为核酸和染色体的复染剂用于细胞凋亡检测、RNA原位杂交、直接或间接免疫检测等领域，其染色后可用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测。
推荐工作浓度为0.5-10 μg/mL。1mg/mL需稀释至1×染色液进行使用（100×染色液与PBS按1：99比例稀释），10mg/mL需稀释至1×染色液进行使用（1000×染色液与PBS按1：999比例稀释），1×DAPI染色液可以直接用于固定细胞或组织的细胞核染色。